『ニンテンドウカップ９９』は、９９年の公式大会で使用する大会です。
いままでの『ニンテンドウカッブ』で地方大会優勝者が使っていたポケモンは使えない。１２６匹しか使えないのである。(詳しくは下記参照のこと。)

＊種類の違うポケモンを必ず手持ちで６体用意しておくこと。このうち実際に対戦で使用できるのは３体。

＊ポケモンのＬＶは５０までとする。

＊過去の９７、９８年の全国大会出場者が使用していたポケモンは使用禁止。

＊『ミュウ』の使用は禁止。

＊ウラワザの使用は禁止。

＊２匹同時に眠らせたり凍らせることはできない。

＊最後のポケモンの「じばく」「だいばくはつ」は禁止。

＊カートリッジは「赤」「緑」「青」「ピカチュウ」のどれでもＯＫ。